Fondée en 1984 par Mark Cale, la société édite son premier jeu "Death Star Interceptor" basé sur l'univers Star Wars sur Commodore 64. En 1986, il sorte le célèbre "International Karaté" (IK) avec la non moins fameuse partition musicale de Rob Hubbard. Parallèllement, la société doit faire face à une bataille judiciaire avec Data East qui l' accuse d'avoir copié son jeu de karaté "Karate Champ". System 3 gagnera le procès un an plus tard. Puis nouvelle bataille judiciaire avec Melbourne House qui accuse aussi la société d'avoir copié son jeu Way of the Exploding Fist, System 3 l'emportera aussi.
En 1987, "Last Ninja" fait l'effet d'une bombe et aura 2 suites. Réalisé par Ben Daglish et Anthony Lees, le jeu marquera le C64 par la qualité de ces graphismes en 3D isomètriques et l'aspect arcade/aventure. Il semble que le jeu possèdait une protection particulière qui causa quelques problèmes à certains lecteurs de disquettes. Même si le gameplay a longtemps fait parler de lui, en bien ou mal, Last Ninja comporte des qualités indeniables au point qu'en 2002 une version 3D a même était mis en chantier batisé Last Ninja - The Returns mais malheureusement ne sortie jamais.
En 1988 une suite sortira "Back with a Vengeance", énorme succès mérité sur 8 bits avec des musiques signées Matt Gray. Outre atlantique une version deluxe sortie avec un masque de ninja et un shuriken en plastique. Globalement deçu par la conversion 16 bits, System 3 sort en 1990 Ninja Remix, en notant au passage qu'une version beta de 1988 de Last Ninja a existé sur Atari ST avec comme musique la partition d'IK, il semble que Ninja Remix en reprend la quasi totalité des graphiques.
Puis la société sort International Karate +, et les années suivantes : Dominator, Myth, Tusker, Vendetta ou encore Flimbo's Quest, des jeux souvent écrit pour les 8 bits et convertit sur 16 bits puis un Last Ninja 3 sans grande saveur. Finalement on peut faire un reproche à System 3, celui d'avoir toujours travailler dans l'ombre du 8 bits sans jamais réussir à capter le potentiel de l'Amiga ou de l'Atari, préférant bien souvent les conversions au jeux spécifique 16 bits.
System 3 est devenu depuis Studio 3 et planche sur des jeux WII comme Super Fruit Fall, un jeu de réflexion ou Gottlieb Pinball Classics, un jeu de flipper. Récemment Studio 3 est redevenu System 3, la boucle est bouclée.